確定申告2026年版｜会社員でも申告が必要な4つのケースと、やった方が得な還付5選

確定申告 × 2026年版 × 会社員 × 還付 × 医療費控除 × ふるさと納税  |  2026.12  |  確定申告直前号

「確定申告は自営業の話」ではありません。会社員でも申告が必要なケース、やった方が得なケースがあります。
2026年版・必要なケース4選と、還付が受けられる5選を診断形式で解説します。

🗓 2026年12月更新（2025年分・2027年2月申告開始号） ⏱ 読了目安：約13分 🎯 対象：確定申告が必要か迷っている会社員・還付を取りこぼしたくない方

⚡ 読む前に知っておきたい3つの事実

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📌 「会社員は年末調整で終わり」は半分だけ正解です。副業・医療費・ふるさと納税・住宅ローン初年度など、年末調整では対応できない控除が複数あります。これを知らないと還付を取りこぼします。

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📌 ふるさと納税のワンストップ特例は医療費控除を申告すると自動的に無効になります。「ワンストップ申請済みだから大丈夫」は危険な思い込みです。医療費控除がある年は確定申告でふるさと納税も一緒に申告する必要があります。

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📌 還付申告は5年間さかのぼれます。「去年申告し忘れた」場合も、5年以内なら過去分の還付を受けられます。期限を過ぎたと諦める前に確認してください。

2月になると「確定申告」という言葉が飛び交います。「自分は会社員だから関係ない」と思っていると、取りこぼしている還付金があるかもしれません。年末調整で処理できる控除と、確定申告が必要な控除は別物です。

2025年分の確定申告期間は2027年2月16日〜3月16日です。この記事では、「申告しないとペナルティになるケース」と「申告するとお得になるケース」を分けて解説し、ふるさと納税×医療費控除の落とし穴、e-Taxでの申告方法まで整理します。

🔍 まず自分のケースを確認：以下のいずれかに当てはまりますか？

必須 副業・フリーランス収入の所得（収入−経費）が年20万円超 / 給与収入2,000万円超 / 住宅ローン初年度 / 途中退職

お得 年間医療費10万円超 / ふるさと納税6自治体超または医療費控除と併用 / 認定NPOへの寄付 / OTC医薬品1.2万円超購入

要注意 ふるさと納税ワンストップ申請済みの年に医療費控除がある → 申告し直し必須

CONTENTS 目次

01 会社員で確定申告が「必須」な4つのケース｜やらないとペナルティになる

02 確定申告でお得な還付5選｜医療費控除・ふるさと納税・住宅ローンを徹底解説

03 ふるさと納税＋医療費控除の落とし穴｜ワンストップが無効になる条件と対処法

04 2025年分の確定申告：期間・e-Tax・必要書類・2026年改正点

05 確定申告でよくある失敗4つと対処法

最後に 「申告するだけで戻ってくるお金」を取りこぼさないために

01会社員で確定申告が「必須」な4つのケース｜やらないとペナルティになる

以下のケースに当てはまる場合、確定申告をしないと無申告加算税（15〜20%等）が課される可能性があります。

必須①：副業・フリーランス収入の所得が年20万円超｜会社員でも確定申告が必要

給与以外の副業・クラウドソーシング・アフィリエイト・不動産収入などの「所得（収入−経費）」が合計年20万円を超えると確定申告が必要です。「収入」ではなく「所得」が基準なので、経費を引いた後で判断します。ただし20万円以下でも住民税の申告が別途必要な場合があります（後述）。

必須②：住宅ローン控除の1年目｜初年度だけは確定申告が必要

住宅ローン減税は、借入残高の0.7%が所得税から控除される制度です（認定住宅等は最大31.5万円）。1年目だけは必ず確定申告が必要で、2年目以降は年末調整で処理できます。年末調整については別記事でも解説しています。

必須③：ふるさと納税でワンストップ特例が使えない場合

寄付先が6自治体を超える場合、または医療費控除など他の確定申告をする場合、ワンストップ特例は使えません。この状態でワンストップのみで済ませると全額自己負担になります（詳細はSection 3）。

必須④：年の途中で退職して年末調整を受けていない場合

年途中で退職し再就職しなかった場合、年末調整が行われません。源泉徴収税額が実際の年税額より多く引かれているため、確定申告で還付が受けられるケースが多いです。

私の本音 「副業20万円以下だから申告不要」と思っていても、住民税の申告は別の話なんですよね

所得税の確定申告が不要でも、住民税は別途申告が必要なケースがあります。特に副業を会社に知られたくない場合、住民税を「普通徴収（自分で払う）」を選択しないと、会社経由の特別徴収で副業分が上乗せされてバレるリスクがあります。

確定申告書に「普通徴収」を選択する欄があります。副業がある方は必ず確認してください。

02確定申告でお得な還付5選｜医療費控除・ふるさと納税・住宅ローンを徹底解説

義務ではないが、申告するとお金が戻ってくるケースです。還付申告は1月1日から5年間いつでも可能です。

還付①：医療費控除｜年間医療費10万円超で確定申告すると税金が戻る

1月〜12月の1年間に、自分や家族のために支払った医療費の合計が10万円（総所得が200万円未満の場合は所得の5%）を超えると、超えた分が所得控除になります。入院費・通院費・市販薬（処方薬に限る）・歯科治療なども対象です。

医療費控除は年末調整では申告できません。確定申告が必要です。医療費控除の詳しい解説はこちら。

還付②：ふるさと納税（確定申告型）｜6自治体超・ワンストップ不可の年は確定申告で

寄付先が6自治体を超えた場合や、他の理由で確定申告をする年はワンストップ特例が使えません。この場合、確定申告で寄付金控除を申告することで、自己負担2,000円を超えた分が還付されます。ふるさと納税の詳しい解説はこちら。

還付③・④・⑤：住宅ローン1年目・寄付金控除・セルフメディケーション税制

③住宅ローン控除・初年度

借入残高×0.7%が所得税から控除（ZEH等は年最大31.5万円）。1年目は必ず確定申告が必要。2年目以降は年末調整で処理できます。

④寄付金控除（認定NPO・政党等への寄付）

年末調整では対応不可。確定申告でのみ申告できます。

⑤セルフメディケーション税制（OTC医薬品1.2万円超で申告可）

健康診断や予防接種を受けた人が対象。対象OTC医薬品（市販薬）の購入額が年1.2万円を超えると、超えた分（最大8.8万円）が控除に。2026年末まで時限措置。

03ふるさと納税＋医療費控除の落とし穴｜ワンストップが無効になる条件と対処法

最も多い「ミス」がここです。「ワンストップ申請したから大丈夫」と思っていたら、実は全額自己負担になっていたというケースが後を絶ちません。

なぜワンストップが無効になるのか

❌ 危険な思い込み：「ワンストップ申請したから確定申告は不要」

ワンストップ特例は「確定申告をしない給与所得者」が使える制度です。医療費控除のために確定申告をした瞬間、「確定申告をした人」になるため、ワンストップ特例は自動的に無効になります。すでに自治体に申請書を送っていても無効になります。

正しい対処法：確定申告でふるさと納税も一緒に申告する

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医療費控除がある年は最初からワンストップを使わず、確定申告でふるさと納税の寄付金控除も同時に申告すると決める

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すでにワンストップを申請済みの場合でも、確定申告で寄付金控除を申告し直せば問題なく控除が受けられる（申請書は自動的に無効になるので、二重申告にはならない）

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iDeCoの掛金を年末調整で申告している場合、その分だけ課税所得が減るため、ふるさと納税の控除上限額も下がる。iDeCoを考慮した上限額で寄付するよう注意

私の本音 「医療費が多かった年に確定申告しようとして、ふるさと納税の還付が消えていた……という話をよく聞きます」

これは制度の仕組みを知らないと防げません。「医療費控除がある年はワンストップを使わない」と最初から決めておくと、このトラブルはゼロになります。ふるさと納税サイトのシミュレーターは、iDeCoや医療費控除がある前提で上限を再計算してから使うのが正解です。

ふるさと納税と医療費控除はどちらも確定申告で申告できます。両方セットで申告し直す手間はかかりますが、ちゃんと還付は受けられます。

042025年分の確定申告：期間・e-Tax・必要書類・2026年改正点

「いつ」「どうやって」申告するかを整理します。スマートフォンで完結できるため、初めての方でも思ったより簡単です。

2025年分の確定申告期間と還付申告の受付

通常の申告期間 2027年2月16日〜3月16日

還付申告のみ（税金が戻るケース） 2027年1月1日〜5年間

e-Tax（スマートフォン）での申告｜マイナポータル連携で証明書が自動入力できる

マイナポータルと連携すると、以下の書類が自動入力されます（金融機関等が対応している場合）。手書き・窓口に行く手間が大幅に省けます。

自動入力可能 源泉徴収票・医療費通知・生命保険料控除証明書・iDeCo掛金証明書・ふるさと納税寄付証明書

2026年からの改正点：控除証明書の原本提出が不要に

2026年分の確定申告（2027年2〜3月申告）から、控除証明書は原本添付の代わりに「明細書添付」で申告できるようになりました。医療費の領収書は税務署へ提出不要で、5年間自己保管すればよい制度も継続しています。

05確定申告でよくある失敗4つと対処法

知っていれば防げた失敗をまとめます。対処法もセットで覚えてください。

失敗①：副業所得が20万円以下だから住民税も不要と思った

所得税の確定申告は不要でも、住民税の申告は別途必要です。住民税申告を怠ると過少申告になります。また、申告の際に「普通徴収」を選ばないと、副業所得分が会社経由の特別徴収に上乗せされて副業がバレる可能性があります。

失敗②：ワンストップ後に医療費控除で確定申告→ふるさと納税が全額自己負担に

対処法：確定申告書にふるさと納税の寄付金控除も一緒に記載して申告し直す。ワンストップ申請書は自動的に無効になるため二重申告にはなりません。

失敗③：還付申告の期限が過ぎたと思って諦めた

還付申告（税金が戻る申告）は申告期限に関係なく、5年間いつでも申告できます。「3月を過ぎた」「昨年分を申告し忘れた」という場合も、5年以内なら過去分の還付を受けられます。

失敗④：医療費控除を計算したら10万円に届かなかった（でも実は届いていた）

医療費控除の対象は「自分だけ」ではありません。生計を一にする家族（配偶者・子ども・親）の医療費も合算できます。市販薬は対象外ですが、通院交通費・介護保険の自己負担も含められます。合計を家族全員分で再計算してみてください。

私の本音 「確定申告、やってみると意外とスマホで30分くらいで終わることが多いです。最初の1回が一番ハードルが高い」

e-Taxのスマホ申告はマイナポータルと連携すると証明書の入力がほぼ自動になります。「確定申告は難しい」というイメージは昔の話で、今は画面の案内に従って答えるだけでほぼ完成するんですよね。

「還付金が戻ってきた」という体験をすると、翌年からは積極的に申告するようになります。まず一度やってみることをおすすめします。

RECOMMENDED

確定申告をもっと簡単に

マイナポータル連携・e-Tax対応・スマホで完結できるツールを活用する

📊 医療費控除シミュレーター（無料）

家族の医療費を合算してどれだけ還付が受けられるか試算できます

医療費控除の還付額を試算する →

🏡 ふるさと納税上限シミュレーター

iDeCo・医療費控除込みの正確な上限額を計算して損しない寄付額を確認

ふるさと納税の上限を確認する →

最後に 「申告するだけで戻ってくるお金」を取りこぼさないために

確定申告は「自営業者がするもの」ではありません。医療費が多かった年、住宅ローンを組んだ年、ふるさと納税で6自治体を超えた年。会社員でも還付が受けられるケースはたくさんあります。e-Taxとマイナポータルを使えばスマホで30分前後で終わることも多いです。

今すぐ確認すること

①昨年の医療費を家族全員分で合計する → ②ふるさと納税をした場合、医療費控除がある年はワンストップが無効になることを確認 → ③副業収入がある場合、所得が20万円を超えているか計算する → ④住宅ローン1年目であれば確定申告が必須 → ⑤過去5年以内に申告し忘れた分がないか確認する。

2025年分の申告期間は2027年2月16日〜3月16日です。還付申告は1月1日から受付が始まります。

「どうせ大した額じゃない」と思って放置していた医療費控除が、家族全員分を合算したら数万円の還付になるケースは珍しくないと思います。一度計算してみてください。

免責事項：本記事は情報提供を目的としており、税務上の個別アドバイスではありません。控除の適用条件・金額は個人の状況により異なります。正確な判断は税務署または税理士にご相談ください。記載内容は2026年12月時点の情報に基づきます。